Szkoła Podstawowa Nr 9 została zorganizowana w roku szkolnym 1958/1959. Budynek został oddany do użytku 3 lutego 1959 roku.
Od 3 września 1958 r. do 3 lutego 1959r. młodzież uczyła się na trzecią zmianę w dwóch szkołach – uczniowie klas I-IV w Szkole Podstawowej nr 2, natomiast młodzież klas V-VII w Szkole Podstawowej nr 6. Obowiązki kierownika szkoły pełniła wówczas Danuta Soja.
1 lutego 1959 roku Zdzisław Legut objął stanowisko kierownika szkoły. Jego zastępcą została Danuta Soja.
Z chwilą rozpoczęcia nauki do szkoły zapisanych było 673 uczniów. Takie były początki najtrudniejszego
w dziejach szkoły okresu.
Baza materialna szkoły w pierwszych latach jej istnienia była stosunkowo uboga. Działalność na rzecz wyposażenia była prowadzona systematycznie.
Obecnie szkoła posiada nowocześnie wyposażoną pracownię informatyczną dla klas starszych i dla klas młodszych (sala 30 i 22), gabinety języka polskiego (sala 9, 32, 34), matematyki (sala 33, 35), historii (sala 25, 31), języka angielskiego (sala 32), przyrody (sala 10, 24), muzyki i religii (sala 36), nauczania zintegrowanego (sale 20, 21, 22, 23), fizyki i chemii (sala 11) i dwa pomieszczenia świetlicy.
23 maja 1975 roku szkoła wzbogaciła się o boisko. Inicjatorem budowy była ówczesna dyrektor Rozalia Świdroń.
Ponad 20 lat później, a więc w roku 2000 dzięki staraniom dyrektor szkoły Wandy Wołontowicz rozpoczęto budowę nowej hali gimnastycznej, której uroczyste otwarcie nastąpiło we wrześniu 2002 roku.
Od roku szkolnego 2004/2005 szkoła wzbogaciła swoją ofertę edukacyjną o klasy o profilu baletowym. Inicjatorką ich utworzenia była dyrektor szkoły Wanda Wołontowicz.
Funkcjonują one w oparciu o program autorskich klas baletowych opracowany przez Valerego Niekrasowa i Wandę Wołontowicz (założycieli tych klas).
W 1967 roku wystąpiono z wnioskiem o nadanie szkole imienia Mikołaja Kopernika.
W 1969 roku w sali kina „Muza” odbyła się uroczystość nadania imienia szkole i wręczenia sztandaru ufundowanego przez Komitet Rodzicielski.
19 lutego 1973 roku odbyło się odsłonięcie tablicy pamiątkowej, którą umieszczono w holu szkoły z napisem „Mikołajowi Kopernikowi – wielkiemu polskiemu uczonemu w 500-lecie urodzin. Uczniowie. Rodzice. Nauczyciele.”
Płaskorzeźbę przedstawiającą Mikołaja Kopernika wykonał znany koszaliński rzeźbiarz Zygmunt Wujek.
Symbolem Szkoły Podstawowej nr 9 stał się hymn, który powstał w latach siedemdziesiątych, autorką słów była nauczycielka muzyki Krystyna Złotopolska, muzykę skomponował Jan Kowalczyk.
FUNKCJE DYREKTORÓW pełniło 6 osób: Danuta Soja, Zdzisław Legut, Rozalia Świdroń, Jadwiga Starkowska, Jan Lewandowicz i Wanda Wołontowicz.
Łącznie na przestrzeni minionego 50-lecia pracowało w szkole 258 nauczycieli.